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Un index de résistance à la paratuberculose en 2020

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Contact mère-veau. L’étude confirme que la transmission de la mère vers le veau est négligeable © Claudius Thiriet

Holstein. La découverte de QTL de résistance élargit le champ de lutte contre la paratuberculose. Elle permet le génotypage des animaux sur ce critère et la création d’un index génomique. Lancement prévu début 2020 pour la holstein.

Deux tiers des élevages laitiers français sont touchés par la paratuberculose. Ils ont au moins une vache infectée par la bactérie mycobacterium avium paratuberculosis. Les flux d’animaux importants entre les élevages sont à l’origine de cette maladie répandue : l’introduction d’un animal infecté dans un troupeau est la première cause de contamination.
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Deux tiers des élevages laitiers français sont touchés par la paratuberculose. Ils ont au moins une vache infectée par la bactérie mycobacterium avium paratuberculosis. Les flux d’animaux importants entre les élevages sont à l’origine de cette maladie répandue : l’introduction d’un animal infecté dans un troupeau est la première cause de contamination.

Normande : l’index prêt en 2021

Les signes cliniques de la maladie ne sont visibles que sur les adultes. Après le premier vêlage ou après un stress, la laitière souffre de diarrhée et maigrit. Le plan d’assainissement est le seul moyen de lutte, par des dépistages d’animaux atteints et leur réforme, et par des bonnes pratiques.

Dans ce contexte, la génétique est sur le point de faire son entrée. Le génotypage sur leur résistance à la paratuberculose et la création d’un index génomique vont élargir le panel de lutte. Le premier permettra, entre autres, de repérer précocement les animaux sensibles et de les réformer. Le second sera utilisé dans les plans d’accouplement. « Le projet est bien avancé. Nous espérons lancer ces deux outils début 2020 pour la holstein et en 2021 pour la normande », indique Arnaud Delafosse, coordinateur du projet pour les GDS.

Un groupe de gènes responsables

Le projet a débuté en 2014. À l’initiative des GDS, un consortium est constitué (voir encadré). L’objectif est d’identifier un ou plusieurs gènes de résistance à la paratuberculose. « Au sein d’un même élevage, nos observations et des publications étrangères mettaient en évidence des animaux plus résistants que d’autres à la maladie. » Pour en avoir le cœur net, sont génotypées 2 000 holsteins et 1 000 normandes suivies en plan d’assainissement dans l’ouest et le nord de la France. « À partir de leurs analyses de dépistage, ces vaches sont classées en deux catégories. La “sensible” rassemble 1 à 2 % d’hypersensibles et 10 à 15 % de plutôt sensibles. La “résistante” regroupe les 80 à 85 % restants, moyennement à fortement résistantes. »

En holstein, de la comparaison de leurs phénotype et génotype n’émerge pas un gène unique associé à la résistance mais trois QTL, ou régions chromosomiques à effet important. Une dizaine d’autres sont à confirmer. En race normande, le nombre de vaches analysées n’est pas suffisant pour présenter des résultats.

Encore des calages avant le lancement

« Avant le déploiement du génotypage et de l’index paratuberculose en 2020 pour la holstein, il reste plusieurs étapes à franchir », précise Arnaud Delafosse. L’index génomique, lui, devrait être techniquement opérationnel en octobre, une fois sa formule de calcul établie. Malgré tout, le consortium veut augmenter la population analysée pour gagner en précision d’index mais aussi en précision d’héritabilité du caractère.

« L’héritabilité est de 30 % contre habituellement 10 à 15 % pour les caractères de santé. Les deux mille holsteins analysées sont très bien caractérisées, avec des profils extrêmes pour certaines­, ce qui donne cette héritabilité élevée. La nouvelle population analysée sera moins catactérisée, ce qui pourrait baisser le niveau. »

Ce que cela va apporter

Le recours à la génomique n’éradiquera pas la paratuberculose mais participera à baisser sa prévalence.

Dans les élevages en plan d’assainissement. « Nous espérons diminuer le coût de l’assainissement par un allégement du protocole. »

Génotyper dès la naissance

Aujourd’hui, le dépistage des animaux se fait à partir de 24 mois (tests Elisa et PCR). Demain, le génotypage dès la naissance permettra de connaître leur résistance, plus ou moins grande, et d’adapter le dispositif à leur profil. Si l’animal est classé très sensible, il sera abattu rapidement « avec indemnisation du GDS ». S’il est moyennement résistant, le protocole ne change pas (tests tous les douze mois à partir de 24 mois). « S’il est résistant, il excrétera moins la mycobactérie ou ne l’excrétera pas du tout. Le protocole sera allégé avec des tests tous les deux ans à partir de 24 mois. »

Accoupler avec des taureaux résistants

Dans les élevages atteints, accoupler les vaches et les génisses avec des taureaux qui portent le caractère de résistance ou éviter ceux très sensibles aura toute sa pertinence. Les GDS souhaitent aussi que les entreprises de sélection calculent l’index paratuberculose des taureaux déjà utilisés. « Cela permettrait d’avancer dans la compréhension de ces élevages. »

Dans les élevages sains.

Génotyper les animaux achetés

Aujourd’hui, l’analyse du lait de tank permet de repérer les élevages à risque mais la réglementation ne leur interdit pas de vendre des animaux. L’acheteur peut demander une prise de sang de l’animal mais elle ne protège pas d’une éventuelle contamination : le résultat peut être négatif alors que l’animal est infecté. Demain, son génotypage indiquera son niveau de sensibilité. « Porter le caractère de résistance ne garantit pas l’absence d’infection chez l’animal, mais il sera moins contagieux. »

Utiliser des taureaux résistantsFaire régresser la maladie en France via les accouplements est un pari à moyen terme. Il dépend de la capacité des ES à proposer des taureaux résistants aux éleveurs. En amont, cela suppose d’identifier des pères et mères à taureaux porteurs du caractère.

Claire Hue
Consortium. Définir les règles d’utilisation de l’index

Le consortium (GDS France et Ouest, Allice, Inra, Oniris et la start-up Apis-Gène) a investi 1 M€ dont 40 % par les GDS. Avant le lancement de l’index génomique holstein début 2020, les partenaires finalisent cet été un accord d’utilisation et de rémunération de la pro­priété intellectuelle. Pour les GDS, en plus du retour sur investissement, l’objectif est de couvrir les coûts de collecte d’informations dans les élevages atteints. Elles alimenteront la base de données pour un calcul le plus précis possible de l’index. Il reste aussi à définir qui, des GDS ou des entreprises de sélection, fera le prélèvement d’échantillons pour le génotypage des animaux en plan d’assainissement. Ce consortium est le premier du genre en France pour la création d’un index lié à une maladie.

L’analyse de…
« L’étude valide ce que nous faisons dans les plans d’assainissement » L’analyse de… Arnaud Delafosse, coordinateur du projet pour les GDS

« En plus d’identifier les marqueurs génétiques de la paratuberculose, notre consor-tium a modélisé la diffusion de la mycobactérie. Ce travail confirme­ que sa transmission de la mère au veau se fait par les bouses infectées. La transmission via le placenta est négligeable. De même, nous nous interrogions sur le délai de réforme du bovin, une fois reconnu très contaminé. Il faut le réformer en quinze jours. Si le vêlage est imminent, on peut prolonger un peu son séjour mais pas plus de deux à trois mois après le résultat d’analyse, et en retirant le veau dès la naissance. Le projet met aussi en évidence la présence de plusieurs souches de mycobacterium avium paratuberculosis dans les élevages. Cette détection ne se fait pas en routine dans les élevages atteints car elle demande plusieurs mois. Nous n’en connaiss­ons pas aujourd’hui leur effet pathogène.

Une fois les races holsteins et normandes finalisées, ce travail ­pourrait être conduit sur d’autres races. »

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